用多對(duì)引物同時(shí)擴(kuò)增幾條DNA片段的方法稱為復(fù)合PCR（Multiplex PCR）。這一方法最初是由Chanberlain 等檢測(cè)人的基因發(fā)展而來。Bej等隨之發(fā)展了對(duì)環(huán)境樣品中不同屬細(xì)菌相關(guān)基因序列同時(shí)PCR擴(kuò)增的檢測(cè)方法。兩種不同的軍團(tuán)菌（legionella）基因，一為特異嗜肺L基因（mip），另一種為L-5SrRNA基因，通過引物搖擺（staggered）添加進(jìn)行復(fù)合PCR。首先mip引物PCR擴(kuò)增7個(gè)循環(huán)，然后加入5SrRNA引物PCR擴(kuò)增38個(gè)循環(huán)。加入不同量的LacZ和LacB基因引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增可以檢測(cè)大腸桿菌和與人類糞便污染有關(guān)的細(xì)菌包括E.coli大腸菌、腸源致病沙門氏菌和志賀氏菌。
　　在復(fù)合PCR中，所有引物Ta值應(yīng)相近。如果兩對(duì)引物Tq值差異超過±℃10%，會(huì)使擴(kuò)增產(chǎn)物的量明顯不同，其中一種擴(kuò)增產(chǎn)物或目的DNA很難觀察到。另外，靶DNA的長度也應(yīng)相近，差別大時(shí)短片的靶DNA會(huì)優(yōu)先擴(kuò)增，因此，會(huì)產(chǎn)生不同產(chǎn)量的擴(kuò)增產(chǎn)物，為此，須采用DNA搖擺擴(kuò)增或加入不等量的引物方法進(jìn)行解決。